В 1887 році в селі Божиківці була відкрита церковно-приходська школа. Спочатку вона була однокласною, в якій навчалося біля десятка  дітей, а пізніше реорганізована в трьохкласну школу.   У звітах Подільської єпархіальної ради за 1890-1891  навчальний рік церковно-приходська школа Божиковець відзначалась як одна з кращих у Летичівському повіті.

     Зі спогадів вчительки Шевчук Надії Василівни встановлено, що до виникнення школи, дітей сільських багачів учили піп і дяк в своїх домівках. Прізвище останнього вчителя-дяка було Ковальов.    Школа являла собою просту селянську хату з двох кімнат.

На межі ХІХ-ХХ ст. на селі було письменних біля 5% всього населення. У 1923 році під школу було віддано будинок попа. Всі чотири класи навчала вчителька Шевчук Н.В.

     У 1929 році було відкрито 5 клас, а поступово 6, 7, під які було відведено новозбудоване панське приміщення.

     У 1934 році було відкрито 8 клас.

     В 1935 році – 9  клас, в 1936 – 10 клас, які розмістилися у  колишньому панському будинку

     У 1937 році відбувся перший випуск Божиковецької середньої школи, в кількості 30 учнів.

     На 1940 рік Божиковецька середня школа нараховувала 434 учнів, яких навчали 19 вчителів.

     Діяльність школи на час окупації була призупинена. На початок 1960-1961 навчального року в школі навчалося 386 дітей, працювали 32 вчителі.

     З 2004 по 2007 роки проведено капітальний ремонт школи за рахунок інвестицій УФСІ та за кошти
громади. За цей час відремонтовано всі шкільні кімнати, перекрито дах, замінено перекриття ІІ поверху, відремонтована шкільна їдальня, проведено водопровід та
каналізацію, обладнано спортивну кімнату та спортивний майданчик, придбано та встановлено комп’ютерний клас.

    Тепловий режим в школі надійно гарантує система опалювання «електротропік».